Tereny, na których powstał Niemojów, należały do państewka śnielińskiego. Wieś powstała w 1570 r. jako strażnica – dwór myśliwski Worlitz, w wyniku sporów granicznych z panami czeskimi. Założył ją cesarski nadleśniczy Hrabstwa Kłodzkiego Leonhardt von Veldhammer, dokumentując w ten sposób prawa hrabstwa do tych terenów. W 1576 r. założono wolne sołectwo i zbudowano renesansowy dwór. W 1589 r. przesunięto granicę z grzbietu Gór Bystrzyckich na nurt Dzikiej Orlicy. Już w XVII w. działało tu ważne przejście graniczne do Czech, a obok sołectwa znajdował się kamienny most przez Dziką Orlicę. Ruch turystyczny ożywił się w drugiej połowie XIX wieku. W wolnym sołectwie powstała gospoda. W latach 80. XIX w. doprowadzono tu nową drogę z Międzylesia przez Różankę oraz wytyczono szlak pieszy z Międzylesia, co wzmogło ruch turystyczny. Pod koniec XIX w. w okolicach Niemojowa pojawiły się pierwsze ślady nart. W 1908 r. powstało tu jedno z pierwszych w Sudetach, a pierwsze w Hrabstwie Kłodzkim, stowarzyszenie narciarskie Wintersportverein Batzdorf-Marienthal (Bartoszowicko-Niemojowskie Towarzystwo Sportów Zimowych). Siedziba znajdowała się w dworze sołtysów. Organizacja wytyczała i utrzymywała szlaki narciarskie, trasy biegowe i pólka ćwiczebne oraz wznosiła schrony turystyczne dla narciarzy. Wyśmienite warunki terenowe i śniegowe sprawiły, że Niemojów szybko stał się kolebką narciarstwa na Ziemi Kłodzkiej. W latach międzywojennych działało tu schronisko młodzieżowe, zaś wieś była popularnym wczasowiskiem, zwłaszcza zimowym. Aczkolwiek latem też tu było pięknie – turyści nazywali Niemojów Sommerfrische Marienthal. Także w okresie międzywojennym, w dworze sołtysów działał punkt informacyjny Kłodzkiego Towarzystwa Górskiego (GGV). Przejście graniczne do Czechosłowacji istniało tu do 1939 r. 9 maja 1945 r. po czeskiej stronie Dzikiej Orlicy doszło do potyczki oddziału rosyjskiego z uciekającymi jednostkami niemieckimi, przez co wieś została częściowo zniszczona. Po 1945 r. wieś została zasiedlona repatriantami, którzy zajęli się głównie rolnictwem. Nie odrodziła się funkcja rekreacyjna, nie uruchomiono przejścia granicznego. Trudne warunki naturalne spowodowały znaczny odpływ ludności. W latach 60. XX w. na okolicznych rozległych łąkach organizowano sezonowe wypasy owiec. W 1996 r. uruchomiono tu przejście graniczne do Czech, które posiadało dwie kategorie – małego ruchu granicznego oraz „turystyczne”. Obecnie granice istnieją jedynie na mapie. W 1999 r. w poniemieckiej gospodzie powstał zajazd. W czerwcu 2006 r. Niemojów ogłoszony został Europejską Krainą Optymizmu, gdzie każdy przybysz błyskawicznie pozbywa się wszelkich trosk. Symbolami tej krainy są stojący obok Zajazdu „Gościniec” – Don Kichot, Sancho Pansa, Dulcynea i… wiatrak; od niedawna, także wzbijająca się do lotu „dzika orlica”.